На церемонии инаугурации Багапш принес присягу на верность народу Абхазии. Председатель ЦИКа Батал Тапагуа вручил ему удостоверение президента.
До того, как занять президентский пост, Сергей Багапш руководил абхазской энергетической компанией "Черноморэнерго", а также работал в правительстве республики.
В 2004 году он в первый раз баллотировался в президенты, его основным соперником был Рауль Хаджимба (последнего, как считалось, поддерживала Россия). После выборов, на которых победил Багапш, началось противостояние между сторонниками двух кандидатов. В итоге при посредничестве российской стороны они договорились о сотрудничестве: Багапш занял пост президента, а Хаджимба согласился стать вице-президентом.
В 2009 году на президентских выборах Багапш одержал победу уже в первом туре, набрав около 60 процентов голосов.
В руководстве Грузии, которая не признает независимости Абхазии, а считает эту республику "оккупированной российскими войсками грузинской территорией", назвали инаугурацию Багапша "фарсом". "Это попытка оккупационных сил легитимизировать марионеточный режим в Абхазии", - заявил замминистра иностранных дел Грузии Давид Джалагания.